La Línea de Investigación de Ingeniería de Software y Sistemas de Información se encarga de llevar a cabo las investigaciones que involucran estas dos disciplinas. En general, considera todo lo relacionado con la creación de productos de software de alta calidad de una manera sistemática, controlada y eficiente, utilizando las últimas tendencias en modelos, procesos, metodologías, técnicas y herramientas. En particular, se hace énfasis en el desarrollo de Sistemas de Información en los distintos dominios de la vida real, proporcionando el conocimiento, herramientas y habilidades necesarias para este fin; considerando todos los recursos involucrados directa o indirectamente por la puesta en marcha del Sistema. La creación de Software y Sistemas de Información requiere de metodologías, métodos así como de herramientas analíticas y descriptivas desarrolladas en las Ciencias de la Computación y con el rigor de la disciplina de la Ingeniería para propiciar en el producto final las características de calidad deseadas (confiabilidad, usabilidad, rendimiento, entre otras).

En esta línea se investiga en dos áreas: Multimedia e Interacción Humano Computador (HCI). En la primera se aborda la variedad de formatos en la cual se puede acceder a la información, esto incluye texto, imágenes, animaciones, vídeo, presentaciones de audio y se estudia sobre el impacto de la multimedia en las diferentes disciplinas. En HCI se indaga sobre el diseño, desarrollo, evaluación y aplicación de sistemas informáticos interactivos para uso humano y el estudio de los fenómenos que los rodea. HCI permite la unión de las ciencias de la computación, ingeniería de software, la informática, las artes del diseño (gráfico e industrial), las ciencias conductuales y sociales (psicología cognitiva, sociología y antropología) y utiliza los elementos multimedia. Los avances tecnológicos hacen que algunos tópicos tales como multimedia e interacción humano-computador, entre otros sean esenciales.

Esta área concierne una perspectiva amplia de lo más moderno en cuestiones de investigación sobre bases de datos y sistemas de bases de datos. Estudia las características de la evolución experimentada por la tecnología de gestión de datos incluyendo modelos que extienden o sustituyen al modelo relacional. Dentro de los desarrollos actuales se encuentran tópicos sobre bases de datos difusas, bases de datos temporales, bases de datos heterogéneas, minería de datos, nuevas serializaciones de lenguajes de la Web semántica, manejo de repositorios de datos en la Web semántica, modelación del comportamiento reactivo en repositorios estructurados y no estructurados, características de la evolución experimentada por la tecnología de gestión de datos incluyendo modelos que extienden o sustituyen al modelo relacional. Como resultado de la investigación, se han reportado propuestas sobre modelos extendidos de representación y manipulación de datos tomando en consideración características como incertidumbre, tamaño, costos, optimización, rendimiento, expresividad, razonamiento y semántica. Se han estudiado también diferentes formas de integración de las nuevas características a los sistemas gestores de base de datos, desde arquitecturas fuertemente acopladas hasta débilmente acopladas. Desde el punto de vista práctico el área involucra el desarrollado de aplicaciones que hacen uso de bases de datos en diferentes temas del quehacer cotidiano.

La Bioingeniería consiste en la aplicación de principios, métodos y técnicas de la Ingeniería en la solución de problemas de las Ciencias Biológicas. El gran sector de la Bioingeniería que se refiere especialmente a la medicina, se denomina más apropiadamente Ingeniería Biomédica. Contempla materias específicas de aplicación de tecnología que involucran diversas áreas del saber como lo son: electrónica, informática, robótica, óptica, entre otras. Las investigaciones y desarrollos tecnológicos involucran una gran diversidad de temas como son: Procesamiento de Señales Biomédicas, Imagenología Biomédica, Procesamiento de Imágenes, Bioinstrumentación, Sensores, Micro y Nano Tecnología, Bioinformática, Biología Computacional, Biofísica, Física Médica, Biomateriales, Ingeniería de tejido, Biomecánica, Biorobótica y Análisis de Movimiento, Ingeniería Clínica, Electromedicina, Telemedicina, Sistemas de Información para el Cuidado de la Salud, Biotecnología, Modelado Fisiológico, Genómica, Proteómica, Ingeniería de Rehabilitación, Interface Cerebro Computadoras, Gestión Tecnológica Medico Hospitalaria, Desarrollo de Equipos Biomédicos, Modelación y Simulación de Sistemas Biológicos y todo lo relacionado con la aplicación de Ingeniería a las Ciencias Biológicas.