Universidad
de Carabobo
Facultad Experimental de Ciencias y
Tecnología
Departamento de Química
Unidad de
Fisicoquímica
Bárbula-Carabobo, Venezuela
Licenciado en Química, graduado en la Universidad de Carabobo en Diciembre del 2002. Profesor Agregado de la Universidad de Carabobo en la Facultad de Ciencias y Tecnología, Departamento de Química, Unidad de Fisicoquímica. Actualmente, realizando la tesis doctoral en la Universidad Central de Venezuela en la Facultad de Ciencias. Miembro del Laboratorio de Química Computacional del Dpto. De Química de la Facultad de Ciencias y Tecnología.
Profesor Agregado a Dedicación Exclusiva en el área de Fisicoquímica y Química General. Universidad de Carabobo. Facyt. Departamento de Química. Desde 04/04/2012, actualmente.
Coordinador de la Unidad Académica de Fisicoquímica. Facyt. Departamento de Química. Desde Octubre, 2012-2014.
Miembro fundador del Lab. De Química Computacional (QUIMCOMP). Facyt. Departamento de Química. 2011.
Profesor Asistente a Dedicación Exclusiva en el área de Fisicoquímica y Química General. Universidad de Carabobo. Facyt. Departamento de Química. Desde 17/10/2007 hasta 04/04/2012.
Profesor Instructor a Dedicación Exclusiva en el área de Fisicoquímica y Química General. Universidad de Carabobo. Facyt. Departamento de Química. Desde 03/08/2004 hasta 17/10/2007.
Proyecto FONACYT G-2005000424. Modelaje nanométrico y mesoscópico de las interacciones involucradas en el sistema roca-crudo-fase acuosa como herramienta para asistir la recuperación y transporte de los crudos pesados. Participante, 2005-2008.
Profesor Contratado a Tiempo Completo en el área de Química Analítica y Química General. Universidad de Carabobo. Facultad Experimental de Ciencias y Tecnología. Departamento de Química. Desde 13/10/2003 hasta 13/10/2004.
Preparador de Lab. De Fisicoquímica. Universidad de Carabobo. Facultad Experimental de Ciencias y Tecnología. Departamento de Química. Desde 31/07/2001 hasta 18/12/2002.
Preparador de Química General y Lab. De Química General y Analítica. Universidad de Carabobo. Facultad Experimental de Ciencias y Tecnología. Departamento de Química. Desde 14/07/2000 hasta 31/07/2001.
Cálculos de tipo ab-initio usando los programas GAMESS-US, NWCHEM-6.0 y ORCA.
Cálculos de dinámica molecular usando los programas GROMACS, DL-POLY y Materials Studio 4.0.
Cálculos de dinámica molecular tipo coarse grained y DPD usando GROMACS y DL-MESO.
Visualización de estructuras moleculares usando Avogadro, wxMacMolplt, VMD y Pymol.
Manejo de herramientas de oficina como libreoffice, word, excel, latex, lyx.
Manejo avanzado de sistema operativos linux versiones Ubuntu y Centos.
Manejo avanzado en equipos de medición de propiedades interfaciales y reológicas.
Publicaciones
Yosslen Aray, Raiza Hernández-Bravo, José G. Parra, Jesús Rodríguez y David S. Coll. Exploring the structure-solubility relationship of asphaltene models in toluene, heptane, y amphiphiles using a molecular dynamic atomistic methodology. Journal of Physical Chemistry A, 115, 2011, 11495-11507.
Exploring the Effect of the O-(1-heptylnonyl) Benzene Sulfonate Surfactant on the Nature of the Lineal Hydrocarbons/Water Interface by Means of an Atomistic Molecular Dynamic Simulation. Aray, Yosslen; Parra, José G.; Jimenez, Doris; Rodriguez, Jesús; Henriquez, Francisco; Cornejo Mauricio y Ludeña, Eduardo. Journal of Computational Methods in Science and Engineering JCMSE ( www.iospress.nl ). En prensa
Molecular Dynamics Simulations of 1-butanol and 2-butanol located at the n-hexane/water, cyclohexane/water and toluene/water interfaces. Parra, José G; Aray, Yosslen. Avances en Química, 9(3), 2014, 87-96.
José G. Parra, Yosslen R. Aray. Predición del Volumen Molar y la Entalpía Molar de Vaporización de moléculas orgánicas usando variables determinadas mediante el modelo de apantallamiento tipo conductor. Revista Científica Avances en Química, 6(3), año 2011, páginas 79-88.
José G. Parra, Yosslen R. Aray. Estimación del Parámetro de Solubilidad de modelos de fracciones A1 y A2 de Asfaltenos mediante dinámica molecular. Revista Faraute Ciencias y Tecnología. 5(1), 2010, 68-76.
José G. Parra. Estudio mesoscópico de soluciones de polióxido de etileno (PEO) en agua usando dinámica disipativa de partículas. Trabajo de Ascenso a profesor Asistente. Universidad de Carabobo. Biblioteca central de la UC. Octubre, 2008.
José G. Parra, Yosslen R. Aray. Relación entre la densidad de energía cohesiva de hidrocarburos, alcoholes lineales y compuestos aromáticos con la densidad de energía libre no enlazante estimada por métodos de solvatación. Memorias VII Congreso Nacional y 1er Congreso Internacional de Investigación de la Universidad de Carabobo. Trabajo aceptado, TOMO II, 2010, 1623-1628.
José G. Parra, Yosslen R. Simulación por dinámica molecular del surfactante dodecil sulfato de sodio ubicado en la interface vacío-agua. Memorias del VIII Congreso Nacional y 2do. Congreso Internacional de Investigación de la Universidad de Carabobo. Noviembre, 2013.
Eventos
y Congresos
V Congreso de Fisicoquímica Teórica y Computacional. Ponente Cartel. Altos de Pipe-Venezuela. Diciembre, 2014.
III Congreso Venezolano de Ciencia, Tecnología e Innovación en el marco de la LOCTI y PEII. Ponente Cartel. Ciencias básicas. Caracas-Venezuela. Noviembre, 2013.
9th Workshop of computational chemistry and molecular spectroscopy (WCCMS). Ponente cartel. Punta de Tralca-Chile, Octubre 2014.
Instructor en la 2da. Escuela deQuímica Teórica y Computacional de las Américas-PREFALC 2014. Universidad San Francisco de Quito-Ecuador, Julio 2014.
II Congreso Venezolano de Ciencia, Tecnología e Innovación en el marco de la LOCTI y PEII. Ponente Cartel. Ciencias básicas. Caracas-Venezuela. Noviembre, 2013.
VIII Congreso Nacional y 2do. Congreso Internacional de Investigación de la Universidad de Carabobo. Coordinador de la sesión: Ciencias Básicas. Valencia-Venezuela. Noviembre, 2013.
VIII Congreso Nacional y 2do. Congreso Internacional de Investigación de la Universidad de Carabobo. Ponente Oral. Valencia-Venezuela. Noviembre, 2013.
IV Congreso de Fisicoquímica Teórica y Computacional. PonenteCartel. Caracas-Venezuela. Noviembre, 2012.
VII Congreso Nacional y 1er. Congreso Internacional de Investigación de la Universidad de Carabobo. Ponente Oral. Valencia-Venezuela. Diciembre, 2010.
IX Congreso Venezolano de Química y I Congreso Internacional. Coordinador de la sesión: Química Teórica I. Cumaná-Venezuela. Junio, 2009.
IX Congreso Venezolano de Química y I Congreso Internacional. Ponente Oral. Cumaná- Venezuela. Junio, 2009.
VI Congreso de Investigación de la Universidad de Carabobo. Ponente Oral. Valencia- Venezuela. Octubre, 2008.
VII Congreso Venezolano de Química. Ponente Oral. Mérida-Venezuela. Noviembre, 2005.
IV Congreso de Investigación y I Congreso de Postgrado de la Universidad de Carabobo. Asistente. Valencia-Venezuela. Noviembre, 2002.
I Jornada de Iniciación a la Investigación de Estudiantes FACYT de la Universidad de Carabobo. Ponente Oral. Valencia-Venezuela. Octubre, 2002.
Conferencias dictadas
Métodos de solvatación continua y dinámica molecular aplicados para predecir la solubilidad de compuestos orgánicos. V Congreso de fisicoquímica teórica y computacional. IVIC, Altos de Pipe-Venezuela. Diciembre, 2014.
Dinámica molecular y métodos de solvatación continuos aplicados a sistemas complejos. Escuela Superior Politécnica del Litoral (ESPOL), Facultad de Ciencias Naturales, Guayaquil-Ecuador. Octubre, 2014.
Cursos
dictados
Fundamentos y aplicaciones de DinámicaMolecular y Entrenamiento y uso del Programa GROnigen MAChines Simulations (GROMACS). Departamento de Física de la Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas de la ESPOL. Guayaquil-Ecuador, 2014.
Introducción a la simulación molecular de sistemas complejos usando dinámica molecular. Facultad de Ciencias y Tecnología. Departamento de Química. Pre-grado, 2014.
Fisicoquímica III. Cinética Química, Electroquímica y Teoría Cinético Molecular de Gases. Facultad de Ciencias y Tecnología. Departamento de Química. Pre-grado.
Fisicoquímica II. Equilibrio en solución y Equilibrio químico. Facultad de Ciencias y Tecnología. Departamento de Química. Pre-grado.
Fisicoquímica I. Termodinámica y termoquímica. Facultad de Ciencias y Tecnología. Departamento de Química. Pre-grado.
Química General. Universidad de Carabobo. Facultad de Ciencias y Tecnología. Departamento de Química. Pre-grado.
Premios
y reconocimientos
Investigador A-1. Programa de estímulo a la innovación e investgación (PEII). Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación. Marzo, 2013.
III Encuentro de Ciencia y Tecnología en el asesoramiento de la actividad: Experiencias en Procesos Químicos. Instituto Universitario de Tecnología y Administración. Valencia, 2004.
1er. Lugar en las I Jornadas de iniciación a la investigación de estudiantes de la FACYT-Universidad de Carabobo. Noviembre, 2002.
1er. Simposio de Química. " La Educación en Química hacia un enfoque técnico. Bárbula, Enero 2015.
Proyectos
de Investigación
Modelaje a nivel nanométrico y mesoscópico de las interacciones involucradas en el sistema Roca-Petróleo-Fase Acuosa como herramienta para asitir la recuperación y transporte de los crudos pesados. Participante. Proyecto del FONACYT. G-2005000424. Universidad de Carabobo. Facultad de Ciencias y Tecnología. Departamento de Química.
Diseño de una metodología usando Fragmento Polarizable Efectivo (EFP) para correlacionar la solubilidad de compuestos poliaromáticos con la energía de solvatación. Proyecto de investigación en desarrollo en el laboratorio de química computacional del departamento de química bajo mi supervisión. Actualmente.
Explorando las interaccionesmoleculares de surfactantes y alcoholes lineales ubicados en la región interfacial hidrocarburo/agua usando Dinámica Molecular para explicar la formación de Microemulsiones. Proyecto de investigación en desarrollo en el laboratorio de química computacional del departamento de química bajo mi supervisión. Actualmente.
SOFTWARE RECOMENDADOS
GAMESS-US. Es un programa de química computacional libre a nivel académico elaborado por el grupo de investigación de Gordon en la Universidad del Estado de Iowa. El programa GAMESS-US puede desarrollar cálculos Hartree-Fock, DFT, GVB y MCSCF. Las correcciones de correlación pueden ser estimadas por CI, MP2 y teoría de cluster acoplado. http://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/GAMESS.html
NWChem: Es un program de química computacional ab-initio, el cual incluye cálculos de química cuántica y dinámica molecular. Entre las capacidades de este programa tenemos cálculos de mecánica molecular, dinámica molecular, Hartree-Fock, DFT, DFT dependiente del tiempo, métodos Post-Hartree-Fock, QM/MM y ONIOM.
ORCA: Es un programa que desarrolla cálculos ab-inito de tipo Hartree-Fock, DFT y métodos semiempíricos, que fue elaborado por la Universidad de Bonn bajo la dirección del Prof. Frank Neese. Este programa puede ser obtenido de manera gratuita con una licencia académica.
Openbabel: Es un programa que se utiliza para realizar conversión de configuraciones moleculares a diferentes formatos.
DL-POLY: Es un programa para simulaciones de Dinámica Molecular elaborado en el laboratorio de Daresbury por W. Smith, T.R. Forester and I.T. Todorov. ftp://ftp.dl.ac.uk/ccp5/DL POLY/
DL-MESO: http://www.ccp5.ac.uk/DL_MESO
GROMACS. Programa que puede ser utilizado para realizar simulaciones de dinámica molecular. Este programa fue elaborado por la Universidad de Groningen.http://www.gromacs.org/
VMD-Visual Molecular Dynamics: Es un visualizador que permite revisar el archivo de trayectorias de la dinámica molecular obtenidos por DL_POLY y Gromacs. http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Pymol: Es un visualizador que permite revisar el archivo de trayectorias de la dinámica molecular y análisis de cálculos cuánticos. Adecuado para biomoléculas como lípidos, proteínas y carbohidratos. http://pymol.org/academic
McMolPlt v7.4.2: Es un visualizador que permite construir entradas para realizar cálculos en el programa GAMESS-US. Este programa también permite analizar la salida obtenida del cálculo de GAMESS-US.
Avogadro: Es un editor y visualizador molecular que permite hacer entradas para diferentes programas que desarrollan cálculos ab-initio como GAMESS-US y NWChem.
TUTORIALES
PARA EL USO DE GROMACS
Instalación
de GROMACS-4.5.4
Para
instalar gromacs-4.5.4 en linux recomendamos leer el siguiente
documento:
instalación de gromacs.pdf
Programas
auxiliares para usar con GROMACS
En el siguiente documento recomendamos una serie de software para utilizar con GROMACS: paquetes auxiliares para gromacs.pdf
Uso
de la herramienta Genconf en GROMACS-4.5.4
Esta
es una herramienta que permite construir sistemas moleculares con
ciertas configuraciones. En el siguiente pdf se muestra un ejemplo:
herramienta
genconf.pdf
Uso
de la herramienta editconf y genbox en GROMACS-4.5.4
Estas
son herramientas que permite construir cajas periódicas y solvatar
sistemas. En el siguiente pdf se muestra un ejemplo: herramientas
genbox y editconf.pdf
Construcción
de un sistema bifásico en GROMACS-4.5.4
En
esta parte se muestra como construir un sistema inmiscible. ver el
siguiente archivo pdf: construcción
de un sistema bifásico.pdf